Bild: istock.com/tolgart

Med hjälp av de svarta VR-glasögonen öppnar sig ett helt universum. Ett universum som består av olika sfärer där varje sfär representerar en blodcell. Genom handkontrollen väljer forskaren ut skilda grenar av blodcellernas utvecklingsträd, för att se vilka gener som är aktiva när vissa celltyper bildas.

Shamit Soneji, forskare vid Lunds universitet, har konstruerat ett nytt sätt att i virtual reality (VR) analysera information om genuttryck i enskilda celler. Det är viktigt till exempel när man analyserar sällsynta celltyper eller vill skilja cancerceller från normala celler.

– Den här tekniken, CellexalVR, är unik av flera anledningar. Alla representationer av datan befinner sig i samma miljö vilket tillåter att all tillhörande information kan kommunicera med varandra. Det gör i sin tur informationen både mer användbar men också lättåtkomlig. Även om man inte är datorvan så är den här typen av analys öppen för alla, säger Shamit Soneji.

Kan jämföra cellstrukturer sida vid sida

Shamit Soneji visar med hjälp av handkontrollen hur han kan välja ut skilda grenar av blodcellernas utvecklingsträd för att se vilka gener som är aktiva när vissa celltyper bildas. Eftersom utrymme inte är ett bekymmer, är det möjligt att ha flera cellstrukturer i samma ”rum” och jämföra dem sida vid sida, något som är svårt på en traditionell datorskärm.

– Dessa strukturer är mycket komplicerade så en 3D-miljö tillåter oss att mer noggrant granska cellernas detaljer och uppbyggnad, snarare än att jag behöva förlita mig på att matematiska algoritmer räknar ut det jag letar efter.

Visualisera all data

Det är bland annat den nya tekniken encells-RNA-sekvensering (single-cell RNAseq), som har ökat behovet av att kunna analysera data på ett enklare sätt. Genom att titta på nivåerna av en specifik molekyl (RNA) som cellerna producerar kan forskarna mäta genaktiviteten i enskilda celler. För att få en ordentlig bild över en cellpopulation krävs att man undersöker tusentals celler och det genererar enorma mängder numerisk data, som i sin tur ska analyseras. Analysen görs av specialister – bioinformatiker – vilka skriver och skapar den mjukvara som krävs för att förstå informationen.

– Vi behöver nya lättare metoder för att kunna visualisera all data. Genom VR flyttas användaren från datorskärmen till en obegränsad och öppen miljö. CellexalVR kan användas av forskare som utan att kunna bioinformatik, enkelt kan analysera och förstå sin data.

Samma virtuella rum – på olika platser i världen

Tekniken gör det även möjligt för flera forskare att analysera samma data samtidigt, utan att riskera att någon information går förlorad. Forskarna kan befinna sig på helt olika platser i världen men ändå befinna sig i samma virtuella rum när de analyserar.

– En virtuell värld i detta sammanhanget är ett helt nytt forskningsområde och jag ser en enorm potential för att forskare ska få tillgång till och kunna processa information själva på ett mer interaktivt sätt, avslutar Shamit Soneji.

Text: ÅSA HANSDOTTER

SAMMANFATTNING

• Mängden data som genereras av nya tekniker har ökat drastiskt och det behövs nya sätt att analysera informationen. Syftet med CellexalVR är i slutändan att hjälpa till i processen att förstå den underliggande biologin av de olika celltypernas sammansättning och hur de förändras vid cancer.
• Tekniken är lätt att använda – man behöver inga programmeringskunskaper – forskare får tillgång till sin egen data och kan själv analysera den.
• Flera personer kan tillsammans studera samma data oberoende av var de befinner sig.
• Ökar förståelsen för datan.
• Eftersom all information finns i samma miljö så kan man lättare jämföra olika data. Här kan du få en bild av hur det fungerar. (Länk till Youtube)